Η Ελένη Κόκκοτου αποφοίτησε από την ιατρική σχολή του Πανεπιστημίου του Novi Sad με βαθμό Λίαν Καλώς και υπηρέτησε ως ιατρός υπηρεσίας υπαίθρου στο Περιφερειακό Ιατρείο Κροκεών Λακωνίας το χρονικό διάστημα 2007- 2008. Διετέλεσε συντονιστής ιατρός στους SOS Ιατρούς από το 2009 έως το 2011. Από τον Αύγουστο 2011  έως τον Μάιο 2016 ειδικεύθηκε στην Πνευμονολογία- Φυματιολογία στην 4η Πνευμονολογική Κλινική του ΝΝΘΑ «Η Σωτηρία» και στην Μονάδα Εντατικής Θεραπείας της Α΄ Πανεπιστημιακής Πνευμονολογικής Κλινικής του ίδιου νοσοκομείου και τον Ιούνιο 2016 μετά από εξετάσεις έλαβε το τίτλο της ειδικότητας Πνευμονολογίας – Φυματιολογίας. Από τον Ιούνιο 2016 έως τον Ιανουάριο 2017 εργάστηκε ως Πνευμονολόγος στην 4^η Πνευμονολογική κλινική. Το 2017 απέκτησε το μεταπτυχιακό τίτλο σπουδών «Ογκολογία Θώρακος: Σύγχρονη κλινικοεργαστηριακή προσέγγιση και έρευνα» με βαθμό Λίαν Καλώς.

Από τον Ιανουάριο 2017 είναι επιστημονική συνεργάτης στην Ογκολογική Μονάδα της Γ΄ Πανεπιστημιακής Παθολογικής Κλινικής του ΝΝΘΑ «Η Σωτηρία». Από το Νοέμβριο 2017 έως τον  Ιούνιο 2019 εργάστηκε ως Πνευμονολόγος στο Ιδιωτικό Θεραπευτήριο «Υγεία». Από το Νοέμβριο 2019 είναι υποψήφια διδάκτωρ της Ιατρικής Σχολής του Εθνικού Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών.

Έχει λάβει μέρος σε σειρά Ελληνικών και Διεθνών Επιστημονικών Εκδηλώσεων. Είναι μέλος της Ελληνικής Πνευμονολογικής Εταιρείας (Ε.Π.Ε), της Ένωσης Πνευμονολόγων Ελλάδος, της European Respiratory Society (E.R.S), της International Association for the Study of Lung Cancer (IASLC) και της European Society of Medical Oncology (ESMO).